A adesão ao regime tributário do Simples Nacional pode parecer universal para todos os tipos de serviços, mas existem exceções importantes, como é o caso do serviço de transporte intermunicipal e interestadual de passageiros. Essa área possui condições específicas para que empresas possam se beneficiar deste regime simplificado de tributação.
De forma geral, as empresas que prestam serviço de transporte intermunicipal e interestadual de passageiros não podem optar pelo Simples Nacional. Todavia, a partir de 1º de janeiro de 2015, esta regra tem exceções significativas. O transporte fluvial, bem como o transporte que se assemelha ao caráter urbano ou metropolitano, e o transporte sob fretamento contínuo em áreas metropolitanas, especificamente para o transporte de estudantes ou trabalhadores, pode ser enquadrado no Simples Nacional.
Para se considerar um transporte com características urbanas ou metropolitanas, é necessário que o serviço seja realizado entre municípios limítrofes ou que percorra regiões metropolitanas, aglomerações urbanas e microrregiões, conforme instituído por legislação estadual. Importante destacar que deve ter caráter público coletivo, ser acessível a toda a população, com itinerários e horários estabelecidos e preços fixados pelo poder público.
No caso do fretamento contínuo, é exigido que o serviço seja realizado sob contrato escrito, com emissão de documento fiscal, e que o transporte seja destinado a um grupo específico de usuários, como estudantes ou trabalhadores, e ocorra em regiões metropolitanas. Esta modalidade de serviço permite maior flexibilidade, sendo uma importante exceção dentro do regulamento do Simples Nacional para empresas de transporte.